Estudo sequencia nanoporos da peste suína

Um estudo publicado na Science China Press sequenciou os nanoporos da peste suína africana (PSA). A taxa de mortalidade é de quase 100%, o que traz enormes prejuízos econômicos para a indústria suinícola em países com epidemias.

Em porcos, a PSA pode se replicar no citoplasma de uma variedade de células, especialmente células reticuloendoteliais e macrófagos mononucleares. Uma vez que o genoma do vírus da peste suína africana é muito complexo e que as informações completas do genoma são atualmente inadequadas, é importante obter com eficiência a sequência genômica do vírus para estudos genômicos e epidemiológicos.

“Primeiro usamos a plataforma nanoporosa para sequenciar diretamente amostras clínicas de porcos infectados com ASFV e exploramos a possibilidade de o TGS adquirir grandes genomas virais como o ASFV”. disse a Dra. Lijia Jia, a primeira autora deste trabalho.

“Em termos de tempo de trabalho, a preparação da biblioteca NGS e o sequenciamento na máquina levaram significativamente bastante tempo. O Hiseq X10 produz dados de 100 Gb por mais de 76 horas, enquanto o tempo de preparação da biblioteca de nanoporos e o tempo para gerar dados de 100 Gb no sequenciador de promessas adicionam menos de 24 horas”, disse Jia.

Embora os dados atuais sugiram que o surto de peste suína africana na China parecia uma fonte única, nossos resultados mostram que ainda existem 6-93 variações no genoma de isolados de ASFV em diferentes províncias e cidades. “Como um grande  vírus que uma variação relativamente conservadora e natural é muito lento, mas pode ser acelerada pela interação com a estimulação hospedeiro e fatores ambientais”, completa.

Fonte: Agrolink/Leonardo Gottens